pkgでwordpressをinstallしていたのですが、daily security run output(daily mail)のチェックが鬱陶しいので一旦削除して入れ直してみました。
wordpressをports/pkgの管理下から外したいだけなのですが、方法が良く判らないし、pkg dbを手でいじるのも怖かったので、一旦pkg delete ja-wordpressして（もpkgはja-wordpress-4.9.1だと思っているが実際には4.9.7なのでchecksum errorで殆ど削除されない）、
% fetch https://ja.wordpress.org/latest-ja.tar.gz
% su
# cd /usr/local/www
# tar xvfz ~ishizuka/latest-ja.tar.gz
# chown -R www:www wordpress
して、後は
# vi /usr/local/www/wordpress/wp-content/themes/twentyseventeen/functions.php
でカスタマイズしていたfunctions.phpを修正して完了です。