py-acmeが更新された際には、py-certbotも更新しないといけないのに、更新していなかったのが原因だと判りました。
pkgでquarterly repoとlatest repoの両方を見ていたために、py39-acmeだけ2.0.0,1へ更新されてpy39-certbotが1.31.0,1のままだったのが原因でした。即ち、py39-acme-X.X.X,Xとpy39-certbot-Y.Y.Y,Yのように、X.X.X,XとY.Y.Y,Yが不一致な場合は動作せず、makeし直して両方共2.1.0,1に更新したら無事動作するようになりました。
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