NVMe SSDを追加したのは、最近SATA SSDがBIOSから急に認識されなくなったりしていたからなのですが不調の原因が判りました。
単にSATAケーブルが接触不良だったみたい。SSD側のコネクターを抜き挿しし直したら、症状がぴったり止まりました。元々SSDを診断してもエラーは全くないので、SSDのメモリー部ではなくATAコントローラ部分がヘタってきたのかと思っていたのですが、単にSATAケーブルのコネクターの接触不良が原因だったとは。コネクターも抜けかかっていた訳ではないのですが、抜き挿しでこんなに変わるんですね。