cronで定期的に/usr/portsをgit pullしているのですが、時々
error: Your local changes to the following files would be overwritten by merge:
と表示されて更新できなくなります。
この原因として表示されるファイルは私は全く触っていない物ばかりで原因不明です。
このエラーが出ると、git checkout .とかgit reset --hardだけでは回復しないので、
git reset --hard && git clean -fd && git pull
しています。