rEFIndでFreeBSDをbootする際、1300044までは古いloader.efiを使い続けていたのですが、13-currentの1300047はloader.efiを最新化しないとbootしなくなりました。
/EFI/refind/refind.confはこんな感じ。
menuentry FreeBSD-current {
loader /EFI/freebsd/loader.efi
options "rootdev=disk0p10 autoboot_delay=1"
icon /EFI/refind/icons/os_freebsd-current.png
}
/boot/loader.efiを(ESPの)/EFI/freebsd/loader.efiへコピーして無事正常に起動するようになりました。