やっと指定できました。
FreeBSDなら普通に
# echo search ish.org >> /etc/resolv.conf
で済むんだけど、ubuntuは
$ nmcli c show
NAME UUID TYPE DEVICE
ssid-hogehoge 01234567-89ab-.... 802-11-wireless wlp3s0
有線接続 1 fedcba98-7654-.... 802-3-ethernet enp2s0
$ su
# nmcli c modify "有線接続 1" ipv4.dns-search "ish.org,foo.co.jp"
# nmcli c modify "ssid-hogehoge" ipv4.dns-search "ish.org,foo.co.jp"
って感じでできることが判りました。