昨日のログを確認していたら自アドレスからのwp-cron.phpがdenyされていました。
apacheの設定でwp-cron.phpの起動は自ドメインからのみ許容していたのですが、何らかの要因でdnsが引けずにネガティブキャッシュされたようで、ドメイン名の引けないIPv6アドレスからのアクセスとして拒否されていました。数時間後にネガティブキャッシュがexpireしたようで自動復帰しましたが、今後のためにapacheの設定に、自ドメインに加えてIPv4/IPv6のアドレス値も追記したので、今後は多分大丈夫でしょう。
P.S. 設定変更時に記述ミスがあったのですが、apacheを再起動するのを忘れていたため、設定変更が有効化されず、以前のままの状態で動作し続けていました。その後、深夜のcronがapacheを再起動しようとしたことで先程までapacheが停止していました。