しばらく何とか動いていましたが、またmysqlが落ちてしまいました。
my.cnfを変更して、また様子見ですね。今回は以下の値にしてみました。
% diff my.cnf.sample my.cnf
39,41c39,41
< open_files_limit = 32768
< table_open_cache = 16384
< table_definition_cache = 8192
---
> open_files_limit = 2048
> table_open_cache = 256
> table_definition_cache = 512
44c44
< max_allowed_packet = 64M
---
> max_allowed_packet = 1M
47,48c47,48
< long_query_time = 0.5
< innodb_buffer_pool_size = 1G
---
> long_query_time = 10
> innodb_buffer_pool_size = 256M
54c54
< innodb_log_file_size = 256M
---
> innodb_log_file_size = 48M