何かのタイミングで/var/db/pkg/vuln.xmlが壊れたようで、pkg auditが動作しなくなってしまいました。
# pkg audit -F vulnxml file up-to-date pkg: Invalid end of XML pkg: cannot process vulnxml
このままではまずいので、手動で/var/db/pkg/vuln.xmlを消して回復させました。
# rm /var/db/pkg/vuln.xml # pkg audit -F Fetching vuln.xml.bz2: 100% 909 KiB 186.2kB/s 00:05 0 problem(s) in 0 installed package(s) found.